Pythagoras is lid van de N.G.G.V., de Nederlandse Grootloge der Gemengde Vrijmetselarij. Andere N.G.G.V.-loges zitten in:
- Amsterdam-Amstelveen (Arcade)
- Breda (Arcade)
- Delft (La Liberté)
- Den Haag (Plato)
- Den Haag (Phoenix)
- Utrecht (De Hoeksteen)
De N.G.G.V. is lid van het samenwerkingsverband A.M.E./E.M.A.